Институт создан 1 июня 1971 года на базе Отдела технической кибернетики Дальневосточного филиала СО АН СССР и Объединенного вычислительного центра вузов г. Владивостока и ДВНЦ Сибирского отделения АН СССР.

Сегодня Институт занимает ведущие позиции на Дальнем Востоке России в области физико-математических и технических наук. В ИАПУ ДВО РАН работают 260 человек, из которых - 4 члена Российской академии наук, 32 доктора и более 80 кандидатов наук. Широким фронтом ведутся исследования в области теории управления сложными системами, математического моделирования экологических систем, машинной графики, теории информатики, технологии суперкомпьютерных вычислений, технической диагностики оборудования, спутникового мониторинга природных процессов, механики твердых тел, жидкости и газов, оптоэлектронных методов исследования газообразных и конденсированных сред, физики поверхности твердых тел и физики полупроводниковых наноструктур.

В Институте успешно работают четыре ведущие научные школы под руководством академика Ю.Н. Кульчина по лазерной физике, академика В.А. Левина по динамике жидкостей и газов, члена-корреспондента РАН А.А. Саранина по физике поверхности полупроводников и члена-корреспондента РАН А.А. Буренина по теории упругопластических деформаций в твердых телах.

Исследования ученых ИАПУ получают значительную поддержку Российского фонда фундаментальных исследований. Проводятся исследования по Программам Минобрнауки РФ, Президиума РАН, отделений Президиума РАН, Дальневосточного отделения РАН, интеграционным проектам с Сибирским и Уральским отделениями РАН. Институт единственный на Дальнем Востоке подписал Меморандум о сотрудничестве с некоммерческой организацией "Фонд развития Центра разработки и коммерциализации новых технологий (Фонд "Сколково"). ИАПУ - активный участник международных научных программ. Ежегодно несколько проектов, выполняемых сотрудниками института, финансируются международными фондами, такими как Национальный научный совет Тайваня, Государственный фонд естественных наук Китая, а также Академией наук Финляндии, Венгерской академией наук.

Институт имеет в своем составе четыре Центра коллективного пользования ДВО РАН:

• Центр спутникового мониторинга окружающей среды ДВО РАН;
• Дальневосточный центр диагностики поверхности твердых тел ;
• Центр коллективного пользования уникальным аналитическим оборудованием ДВО РАН "Дальневосточный вычислительный ресурс";
• Центр "Лазерные методы исследования конденсированных сред, биологических объектов и мониторинга окружающей среды".

Все Центры оснащены современным аналитическим оборудованием для проведения фундаментальных и прикладных исследований.

Дирекция, Ученый совет, Совет молодых ученых и профсоюзная организация Института ведут активную работу по обеспечению научного роста и омоложению кадрового потенциала. В Институте успешно работают аспирантура, три докторских диссертационных совета, восемь базовых кафедр и три научно-образовательных центра с ведущими вузами региона.

За последние годы построен новый лабораторный корпус, позволяющий значительно увеличить лабораторную базу проводимых экспериментов, исследовательское оборудование обновлено более чем на 90 %. Установлена лидарная система, позволяющая проводить уникальные исследования динамических процессов в океане и атмосфере методами лазерного зондирования, изучать процессы взаимодействия мощного лазерного излучения с веществом, введен в строй стационар "Восток" для морских исследований на берегу Уссурийского залива, закончено строительство общежития для молодых ученых и аспирантов на 36 мест в пригороде г. Владивостока, проведена модернизация части первого этажа лабораторного корпуса для размещения высокотехнологического экспериментального оборудования и организованы помещения со специальным температурным режимом и чистотой воздуха.

Созданный в ИАПУ суперкомпьютерный вычислительный центр в настоящее время является самым мощным на Дальнем Востоке России. Услугами ЦКП "Дальневосточный вычислительный ресурс" пользуются Институты ДВО РАН и университеты г. Владивостока, используя научно-образовательную сеть, работу которой обеспечивают специалисты нашего Института.

В период с 2006 по 2011 годы сотрудниками Института были получен ряд государственных наград, академических премий и медалей и премий имени выдающихся ученых ДВО РАН.

За прошедшие пять лет активизировалась инновационная деятельность Института. В данное время в Институте имеется 13 разработок, готовых к практическому применению. Увеличивается количество патентов, получаемых Институтом ежегодно, и расширяется их тематика за счет вовлечения новых видов разработок по различным направлениям основной научной деятельности. Увеличилась активность молодых исследователей в области оптики, электроники и фотоники, что привело в созданию в институте в 2006 году молодежной секции Российского отделения International Society for Optical Engineering (SPIE) (США).

Активизация научных исследований за пятилетний период привела к существенному росту защит диссертаций в Институте: сотрудниками защищено 8 докторских и 36 кандидатских диссертаций.

Институт расположен в пригороде Владивостока на берегу живописного Амурского Залива (Японское море).